礼仪问题的争端与其影响（二）
当第二次教难发生，各省教士都被禁押在广州，包括耶稣会、多明尼会、方济各会人员，其间以耶稣会人数为最多，这是一个很好的合作机会。他们用了四十天工夫，充分讨论着教会各方面的问题，共同议决了四十二个问题，中间有一条“当遵守1656年法令”。当议决时，与议诸教士一一签押遵守。而多明尼会有名那槐莱脱（Navarette）的不能同意，潜逃至澳门，又乘船回到欧洲。他在欧洲发表了些著作，大大地攻击耶稣会，所以当时的耶稣会不但天主教中攻击他，就是欧洲的更正教也攻击他。不过在中国的情形却两样，所有的方济各会奥斯定会人大都附和着耶稣会，即站在反对地位的多明尼会中，也有替利玛窦当时的境地而辩护的。只有那位福建主教名叫颜珰（Maigrot），他是大不满意于耶稣会的制度，也有些耶稣会中的法国人，与颜珰表同情。那位颜珰主教曾经公布了一条命令，禁止应用耶稣会制度，不许称天主为天或上帝也不准在礼拜堂里悬挂写，“青天”字样的匾额，以为1656年教皇的法令，在良心上没有遵守的责任，指斥卫匡国所呈诉的理由毫无根据，所以绝对不允许教友可以自由祀孔与祭祖。因为若不把这些异端从礼拜堂中除掉，便不能使教友们专心崇拜上帝。传教士更不能把基督的道理去牵合中国古书里的教训一，应当注意到基督教所称的God，乃是个创造天地万物的主宰。他为了要实行这道命令的缘故，用断然的手段开除了两个耶稣会信徒，于是激起了耶稣会会众的反响，发生了很大的冲突。他因此派了两位教士，名叫管末南尔（Guemener）与雅尔马（Charmot），到欧洲去把这问题请求教皇依诺增爵第十二重新审查。1697年教皇把原案交付“异教徒裁判所”研究。这问题又变成了宗教界极有兴趣的辩论一，时出版许多辩论的书籍。有一位更正教的哲学家名叫莱伯尼志（Leibniz），也替耶稣会著了一篇辩护书。直到1700年巴黎大学神学系教授发表宣言，不赞成耶稣会的主张，并且批评耶稣会方面的书籍，才转移了一般人的目光。
这问题既在欧洲闹得满城风雨，教廷便组织一个委员会去研究，这个委员会中，没有耶稣会、多明尼会人参与其间，以期有公允的解决。而此时在中国的耶稣会士，适有把“祭祖与祀孔是否含有宗教性质”的问题去请问康熙皇帝，康熙皇帝便于1700年11月30日正式宣言，说中国的祭祖祀孔，不过是一种崇敬的礼节，纪念其过去的善行，并没有宗教性质。然在反对耶稣会的人，更得了一种借口，说关于教会的事，不请求教廷解决，反而去请求教外皇帝决定，实在不当。这实足以挑起教皇对耶稣会的恶感。到1704年“异教徒裁判所”印成一件公文，得教皇格来孟第十一（Clement XI）的批准，于11月20日公布，其条文有：
禁止以“天或上帝”称天主。
禁止礼拜堂里悬挂有“青天”字样的匾额。
禁止基督徒祀孔与祭祖。
禁止牌位上有灵魂等字样。
教廷因欲推行这公文，第恐发生什么不良的影响，就决定派一个特别代表，来调停东方的争端。因为当时在印度马拉巴（Malaber）也有同样的事件发生，所以这个代表，必须要精敏强干，不但要使教士和当地教徒满意，并且希望中国能谅解到教皇的法令。负着这样重大使令的人选，一时很难获得，最后乃决定派多罗（Charles Maillard de Tournon）主教带着这道法令到中国来。先到了印度，预备在那里解决马拉巴的争执，结果，给葡萄牙主教与耶稣会人反对，没有什么效能。乃在1705年4月到了广州，12月4日到了北京。耶稣会里的葡萄牙人，对于他的委任，根本起了怀疑，因为那些传教士费了一生的精力在中国做工，建造起许多房子，现在被一个年青的并不懂得中国情形的人来辖制，当然不能表示十分的服从。康熙帝起初很以优礼相待，后来这位青年的代表，与皇帝的观念站在反对的地位，对于康熙前此所发出的谕旨，不能略为迁就，使康熙大大地不悦，乃下逐客令，命其速离京师。多罗不得已离开北京，到达南京。于是康熙帝便在1706年12月间发出一道上谕，说明凡传教士非领得朝廷准予传教的印票，及许可服从中国的礼仪的，不准在中国传教。
多罗主教听到了这个命令，他想到自己所负的使命，便在南京宣布的教皇的命令，并且加上自己的解释，谴责那些用上帝和天的称呼与那些牌位表示阴灵的。并且说凡违反这种禁令的，必须赶出教会；这显然与康熙皇帝反对了。因此，有些法国教士，因为不服从康熙帝的命令，被驱逐出境。惟有多数的奥斯定和耶稣会人，接受皇帝的话；不过他们很希望将来去请求教皇，修改多罗的宣言。康熙帝因为多罗的反抗，就把他送到澳门看管起来，一面由耶稣会的提议选派两教士到罗马去申说，希望对于多罗在南京的宣言与1704年的法令有所变更。多罗既监禁在澳门，澳门的主教对于他也发生了反抗，但是多罗仍旧行使他代表的职权，赶出几个教士，声明凡未得代表的允许，都不能在中国传教，也不许澳门的学院与修道院容纳，于是事情闹得更利害了。结果，在澳门的葡国官员，也起来反对多罗。不过罗马教皇却嘉许他的忠心，升他为红衣主教，可惜这升职的公文还没有到达之前，他已经在澳门去世了。
多罗在南京所发表的宣言和耶稣会的请求，到了罗马，不但没有被教皇接受，反而重行申明南京宣言与1704年的法令是同样的效力。方济各会教士把这篇申明公布在北京的礼拜堂里，耶稣会人因此就感到极大的不安。罗马教廷预备更有力的举动，教皇格来孟十一又颁布了一道正式的谕旨，重新述说前此的禁令，必须绝对遵守，否则将受逐出教会的处罚。凡传教士必须宣誓服从。不过对于一切纯粹属于政治范围而不含迷信的礼节，许予容纳；若有一个新礼节产生时，不能决定它是否属于迷信的，须送教皇审查后实行。这一道严厉的教谕，教士们都不敢把它公布在教堂里，等到主教在教堂里宣读出来，就被康熙帝捉去监禁。耶稣会因此仍得继续工作。在这种情形之下，教廷方面不得不再派一个比较重要的人到中国来，调解这极端的争执，于是选派了一位主教名嘉乐（Mezzabarba）做代表，于1719年离开罗马，第二年9月到了澳门。这次葡萄牙人却很优礼的接待他。12月间到了北京觐见康熙皇帝。康熙皇帝对他非常冷淡，因为过去的争执，本来很不高兴，及至看见教皇的公文，更加觉得生气，就在公文上批着这样的话：“欧洲人没有资格批评中国的礼节！”耶稣会人很为这事担忧，因为这样下去，恐怕要毁坏了过去的工作，所以他们请求嘉乐主教不要把教皇的谕旨宣布。但是不能得他的允许，仍旧宣布出来，不过在教谕的下面，加上几条变通的办法：基督徒可以有牌位；也可以允许基督徒不迷信的拜祖宗；为守礼节而祭孔也可以；用香烛食物陈设在牌位前面，在棺材前叩头，葬礼中用香烛等等，皆可以权宜从事。这是一种对中国皇帝的让步，但是康熙皇帝仍不满意，所以与皇帝间不能有较进步的感情，不得已只好离开北京预备回欧洲去。在还没有离开之前，他写了八条宽免的办法给教会，与前述的变通办法差不多，用来作一般传教士工作上的指导，但不许把它译成中文或满文。这办法不但在拥护教皇方面的人并不看重，耶稣会人亦不守他的嘱咐，仍旧把它译成了中文。那时他已带了多罗的尸骨回罗马去了。这位嘉乐主教，比较其他的人果然圆通得多，但在这复杂的情形下，却仍没有带什么平安给中国的基督徒。